A harmonia matemática pode ser obtida também na música e para ele, a música o melhor meio de purificar a alma. Pitágoras descobriu que se dividirmos uma corda em determinadas proporções vamos obter vibrações proporcionais que vão formar a harmonia das notas musicais. Se dividirmos essas notas em determinadas frações e a combinarmos com as notas simples, vamos obter sons harmoniosos. Já frações diferentes produzem sons não harmônicos. Como todos os corpos que se movem velozmente produzem som, isso acontece também com os corpos celestes. O movimento dos astros produz o som correspondente a uma oitava. Este som não é percebido pelas pessoas pois nós o ouvimos desde que nascemos e nossos ouvidos não são próprios para percebê-los. O monocórdio: é um instrumento composto por uma única corda estendida entre dois cavaletes fixos sobre uma prancha ou mesa possuindo, ainda, um cavalete móvel colocado sob a corda estendida e a altura musical do som emitido quando tocada.
Para Pitágoras, a Alma é imortal; vive depois que o corpo morre. Pitágoras dizia lembrar-se de suas vidas passadas. Segundo ele, apenas pelo bom comportamento o ser humano chegaria a sua perfeição moral, e após ter vivido várias vidas não precisaria mais nascer em outro corpo. Até hoje várias religiões acreditam nisso. Um fato: Ele educava os discípulos para serem pessoas de bem. Mas o bem não deveria ser praticado apenas sobre os seres humanos, mas também aos animais. Por isso, eles eram vegetarianos. Pitágoras gostava tanto de animais que, às vezes, até conversava com eles.